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協助診斷下呼吸道感染，但此試驗結果無法作為診斷與治療的唯一依據。陰性結果無法排除呼吸道感染，可能是受到本項目無法偵測的病原感染、病原體濃度低於最低偵測極限，或細菌分析物中，細菌存在的濃度低於最低的半定量bin報告濃度（104 copies/mL）。陽性結果無法排除與其他微生物共同感染的可能性，評估可能患有下呼吸道感染的患者時，仍需搭配其他檢驗（如：細菌及病毒培養等）。
檢測到的病原體可能代表移生（colonizing）或正常呼吸菌叢，可能不代表肺炎的致病原。檢測的半定量結果（copies/mL）不等同細菌培養的相對濃度（CFU/mL），兩者未必相關。檢測到具抗生素抗藥基因，可能與疾病致病原相關，亦可能無關。反之，抗生素抗藥基因陰性，也不代表對該抗生素具感受性。
本檢驗利用巢式多重聚合?鏈反應檢測疑似下呼吸道感染的痰液類型檢體（自咳或是抽吸痰）或支氣管肺泡沖洗液（Broncho alveolar larvage；BAL）類型檢體，可同時檢測和辨識多種呼吸道病毒與細菌以及選擇的抗生素抗藥基因，包括：
(1) 細菌（半定量報告為104、105、106或≧107 copies/mL）：
(A) 不動桿菌複合群（Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex）：含A. baumannii、A. calcoaceticus、A. pittii、A. seifertii和A. nosocomialis。
(B) 陰溝腸桿菌複合群（Enterobacter cloacae complex）：含E. cloacae、E. asburiae、E. hormaechei、E. kobei和E. ludwigii。
(C) 大腸桿菌（Escherichia coli）
(D) 流行性感冒嗜血桿菌（Haemophilus influenzae）
(E) 產氣克雷伯氏菌（Klebsiella aerogenes）
(F) 產酸克雷伯氏菌（Klebsiella oxytoca）
(G) 肺炎克雷伯氏菌群（Klebsiella pneumoniae group）：含K.pneumoniae、K. quasipneumoniae和K. variicola。
(H) 卡他莫拉氏菌（Moraxella catarrhalis）
(I) 變形桿菌屬（Proteus spp.）
(J) 綠膿桿菌（Pseudomonas aeruginosa）
(K) 黏質沙雷氏菌（Serratia marcescens）
(L) 金黃色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）
(M) 無乳鏈球菌（Streptococcus agalactiae）
(N) 肺炎鏈球菌（Streptococcus pneumoniae）
(O) 化膿性鏈球菌（Streptococcus pyogenes）
(2) 非典型細菌（定性）：
(A) 肺炎披衣菌（Chlamydia pneumoniae）
(B) 肺炎黴漿菌（Mycoplasma pneumoniae）
(C) 嗜肺性退伍軍人桿菌（Legionella pneumophila）
(3) 病毒（定性）：
(A) 腺病毒（Adenovirus）
(B) 冠狀病毒（Coronavirus）：含Coronavirus 229E、OC43、HKU1和NL63。
(C) 人類間質肺炎病毒（Human Metapneumovirus）
(D) 人類鼻病毒/腸病毒（Human Rhinovirus/Enterovirus）
(E) A型流感病毒（Influenza A）
(F) B型流感病毒（Influenza B）
(G) 副流感病毒（Parainfluenza Virus）
(H) 呼吸道融合病毒（Respiratory Syncytial Virus）
(4) 抗生素抗藥性基因（定性）：
(P) CTX-M
(Q) IMP
(R) KPC
(S) NDM
(T) OXA-48-like
(U) VIM
(V) mecA/C and MREJ
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