本科目前位於兒童醫院地下1樓門診區，兒童牙科可以與其他小兒科的次專科緊密結合，其主要考量點乃是以病人為主的全人醫療，共同為維護兒童的健康一起努力。
行為管理
兒童牙科醫師在進行治療前，常先將病童分為「具理解力」與「不具理解力」兩種類型；然後再根據此判斷訂出行為管理方針。
1.不具理解力病童的治療處理
此類病人通常指的是3歲以下無理解能力的兒童，以及智能發育受阻之智能障礙者。由於無法溝通或溝通效果有限，臨床上通常採取保護性束縛床治療或全身麻醉等方法。
保護性束縛床：所謂「保護性束縛床治療」就是用束縛的器具將病童固定為主，以免身體亂動造成傷害。若使用此法，家長則必須要有心理準備，因為病童一定會哭鬧，而治療是在哭鬧掙扎中完成的。如果父母能接受此方法，則請記得每次就診時需準備一套內外衣，於治療後換下汗水浸濕的衣服。
全身麻醉：對於患嚴重蛀牙的小朋友，或因年齡小、智能障礙等因素，因其行為較難配合醫師，無法配合門診治療工作，經過門診初步評估，健保局送件專案審理後，經由詳細的術前檢查及麻醉科醫師的評估，安排一個早上半天的時間在無菌手術室，進行全身麻醉完成全口口腔疾病的治療，當天即可出院回家。
2.具理解力之病童的治療處理
3歲以上的小朋友或多或少都可以達到某種程度的溝通，此時兒童牙科醫師會使用所謂的「行為誘導術 (Behavr management)」來改正幼兒在治療牙齒時的行為表現；比如向小朋友解說各類器具的功用，使他們瞭解後進而消除本能性的畏懼，又譬如向孩童解說治療的步驟，增進合作意願，有時會以較大的說話音量吸引孩子的注意力，讓他專心聆聽醫師的說話內容，會使用負向行為誘導先讓小朋友安靜下來，再用正向行為誘導鼓勵小朋友的配合度等等。
兒童牙科治療項目：
1.蛀牙
2.乳牙根管治療
3.齲齒防治
4.咬合不正預防
5.口腔衛生諮詢
6.乳齒牙套製作
7.隙溝封填劑
8.全身麻醉在兒童牙科的應用
9.塗氟(五歲以下的小孩，健保給付每半年可塗氟一次)
10.乳牙及新生恆牙外傷的治療
11.乳牙早期缺失時的空間維持裝置
