門診部分又可分為一般神經科門診及兒童發展特診。
一般神經科門診主要為發作性異常(如癲癇、抽搐、頭痛等)神經功能異常(如類妥瑞症症狀、顏面神經疾病、重症肌無力等)，肌肉系統病患如(感染性肌炎、先天性肌肉病患等)，神經系統感染(如腦膜炎、腦炎、腸病毒重症等)及其他相關病患(如兒童睡眠障礙，腦瘤，脊髓功能等)。
本科很早就開始使用數位化腦波機，目前和成人神經科醫學部共用新一代數位化腦波機，除一般腦電圖檢查外，並可進行同步錄影，及24小時腦電圖監測等。最特別的是，本科腦波檢查數近幾年都達2000人次以上。另外，除了腦幹聽覺反應及視覺反應，本科也有較多，長導程腦幹聽覺，反應之經驗，並於學會發表其應用在學習障礙之可能性。至於新生兒腦部超音波，除門診於超音波室有兒科專用彩色超音波，並於兒科加護病房另有彩色超音波，皆可進行腦部血流檢查。
近年來，本科經由和院內各研究室合作，逐漸累積利用新技術診斷相關先天性肌肉神經疾病。而經由和神經外科合作，加強各種顱內病變(如膿瘍、腫瘤、血管病變等)更完善之處置，由於地域關係，本科業務量一直維持相當個案數，我們希望經由各種合作，除提供更全面的服務外，並能發展更多研究及心得成果。
服務內容：
1.兒童神經肌肉系統病患者門診服務
2.兒童神經肌肉系統病患者病房服務
3.兒童神經電氣檢查
4. 新生兒及幼兒腦部超音波檢查
5.兒童加護病房神經重症醫療照顧
6.兒童神經專科會診
7.兒童發展評估中心鑑定門診
8.衛生福利部兒童發展評估中心衛署計劃
9.兒童神經科次專科訓練
