(一) 先天異常

(1) 體壁異常：如腹股溝疝氣及陰囊水腫、臍膨出症、先天性腹裂、內臟外翻等。
(2) 胸肺系統：如胸廓畸形(漏斗胸、雞胸、肋骨變形)、橫膈膜疝氣、食道裂孔疝氣、食道閉鎖併氣管瘺管、肺葉發育異常、先天性肺囊腫、先天性囊狀腺瘤肺畸形、肺組織隔離等。
(3) 腸道系統：如食道弛緩不能、胃食道逆流、十二指腸狹窄或閉鎖、環狀胰臟、小腸閉鎖、腸旋轉不良及中腸扭結、美克氏憩室、卵黃管遺物、腸道複製、胎便性腸阻塞、胎便性腹膜炎、結腸狹窄或閉鎖、肛門直腸畸形(無肛症)、腸蠕動異常、先天性巨結腸症。
(4) 肝膽系統：如膽道閉鎖、膽管囊腫等。
(5) 泌尿系統：如包莖、隱睪症、睪丸扭轉、尿道下裂、膀胱輸尿管逆流、腎盂輸尿管接合處狹窄、輸尿管畸形、腎臟發育異常、囊性腎病變、性別異常等。
(6) 其他：如鰓裂遺跡、甲狀腺舌骨囊腫、耳前竇等。

(二) 非先天異常

(1) 胸肺系統：如肺膿瘍、膿胸、乳糜胸、氣胸等。
(2) 腸道系統：如新生兒胃穿孔、胃扭轉、消化性潰瘍及穿孔、新生兒壞死性腸炎、嬰兒幽門狹窄、食道腐蝕性灼傷、食道異物及食道破裂、腸套疊、術後腸阻塞、闌尾炎、消化道出血、發炎性腸道病變、腸穿孔等。
(3) 肝膽系統：如膽道結石、非結石性膽囊炎、胰臟炎、胰臟囊腫及偽囊腫、脾臟腫大等。
(4) 常見小兒外科輕症：如包莖、箝頓包莖、包皮龜頭炎、陰唇黏合、肛裂、肛門旁膿瘍、肛門瘺管、臍肉芽腫、臍疝氣等。
(5) 胸腹軀體各種良性與惡性之腫瘤：如血管瘤，淋巴管瘤、肝腫瘤、腎腫瘤、畸胎瘤、神經母細胞瘤、生殖腺腫瘤等等。
(6) 其他：斜頸症。

近十年來，兒童外科已從傳統大傷口手術逐漸發展進步到微創手術，包括：常見的各式內視鏡手術，單一切口內視鏡手術，達文西機器人手術...等等，以達到失血量少，傷口小，疼痛少，恢復快，更安全的手術治療。
彰化基督教兒童醫院，擁有優秀的兒童外科團隊，具備傳統與最先進的技術和設備，不僅提供兒童較好的外科治療方法，並同時照顧兒童完整的心理，成長及發育，提升生活品質，達成全人照顧的目標。彰基兒童外科致力於發展及創新，近年的成果如下：
105年：台灣首例達文西機器手臂切除2歲幼兒膽道囊腫。
105年：發展胸腔鏡/腹腔鏡橫膈疝氣修補手術。
106年：台灣首例微創手術治療A型食道閉鎖。
107年：發展經腋下內視鏡斜頸手術。
108年：微創泄殖腔異常重建（陰道、肛門、尿道手術）。
109年：台灣首例傷口負壓裝置治療早產兒腸皮?管。
112年：發展經膀胱鏡氣膀胱輸尿管重植手術。
112年：發展微創腹腔鏡葛西手術（Kasai's procedure)。