兒童胃腸肝膽科成立於民國90年7月，目前有小兒消化學專科醫師1名。
兒童的消化系統疾病包羅萬象，常見的腸胃疾病如腸胃炎、急性腹痛、慢性腹痛、便秘、腸套疊、盲腸炎、消化性潰瘍疾病、消化道出血等；而肝膽疾病包括黃疸，肝炎，膽道閉鎖與膽道囊腫、腹部腫瘤等，其它如兒童肥胖、營養不良等亦是重要課題。
專科特色：
兒童腸胃科因為專科屬性強，因此檢查項目為專科特色與重點，概括之專科特色可分為下面幾項特殊檢查作說明：
1.腹部超音波：這項檢查唯一非侵襲性，迅速且操作方便之檢查工具，可診斷如 腸套疊、盲腸炎、腸阻塞、腹膜炎、腹內膿瘍、腹部腫瘤、腸破裂等急性腹症及幽門狹窄，在腹部腫瘤如肝腫瘤與其他腹腔內腫瘤也具有相當高的敏感度與準確性。
2.消化道內視鏡：它雖為侵襲性的腸道檢查工具，但經由週詳的檢查前準備，一般發生危險的可能性很低。在臨床運用方面，在上消化道內視鏡檢查中，可診斷出食道炎、食道灼傷、食道靜脈曲張、食道異物吞入、食道裂傷、胃炎、胃潰瘍、十二指腸炎、十二指腸潰瘍，或特殊疾病如息肉、腫瘤，也可由這項檢查得到查證，下消化道內視鏡檢查則可偵測下消化道出血如腸道發炎疾病、偽膜性大腸炎、瘜肉、腫瘤、潰瘍等，另腸道狹窄、或其他特殊腸道病變也可經由下消化道內視鏡檢查加以佐證。上述內視鏡檢查尚包括幽門桿菌偵測、組織切片檢查、食道靜脈曲張的硬化治療或結紮治療，也可運用於腸道異物吞入之治療或食道狹窄之內視鏡氣球擴張術。此外，可籍由上消化道內視鏡的輔助置放胃十二指腸餵食管。
3.其他檢查如肝穿刺用於膽汁滯留症檢查及慢性肝炎追蹤， 特殊肝臟疾病的診斷，另如超音波的腹水或膿瘍之抽吸診斷及治療。
教學研究：
教學上秉持以主治醫師帶領的教學制度包括：
1.主治醫師對clerk，intern ，resident之團隊教學，而這些教學可分為二路線，一為臨床案例之分析包括主治醫師迴診教學，定期個案的深入研究，與一系列的文獻研讀，使教學達到知識與臨床實際結合為一。
2.Clerk及intern之教學輔以基礎兒科腸胃學與臨床分析為 主。
3.Research：除了主治醫師各有的研究工作，亦將research study作為resident training之要項，並將研究成果發表於小兒科醫學會年會及雜誌。
未來展望：
隨著醫學日新又新，罹患急性腹部疾病的病童的診治已提早也更有效，死亡率也逐年降低。但慢性腸胃肝膽疾病會明顯增多，如何達到預防慢性病為將來兒童腸胃疾病治療的重點。
服務內容：
1.兒童胃腸肝膽病患者門診服務
2.兒童胃腸肝膽病患者病房服務
3.全院兒童胃腸肝膽暨營養評估照會
4.兒童加護病房
5 兒童胃腸肝膽超音波
6 兒童胃鏡，兒童大腸鏡，兒童肝穿刺服務
