罕見疾病並非每位醫師都擅長，彰基罕病團隊有多位各科專長醫師，若您有須求也可諮詢個案管理師，或直接掛號門診。以下是本院各專科醫師，提供參考：
心肺血管系統
兒童心臟科：吳焜烺、李孟倫
心臟血管內科：夏建勳、張永明、簡思齊、楊淵博、黃靜惠
胸腔內科：林聖皓、紀炳銓
血液骨髓系統
血液腫瘤科：沈銘鏡、林炫聿、賴冠銘
兒童血液腫瘤科：王士忠
兒童遺傳科：趙美琴
兒童感染科：楊順成、林昭仁
神經系統
兒童神經科:張明裕、張通銘
神經醫學: 劉青山、王文甫、吳鴻明、巫錫霖、林志明、
張凱茗、莊介森、孫穆乾、張振書、蔡定倫、
陳大成、陳彥宇、賴建旭、施曉雅
復健醫學科：楊宗翰、魏大森、廖淑芬、劉森永
眼科：陳彥廷、林昌平、周介仁
內分泌代謝
兒童過敏免疫風濕科：高峻凱、蔡易晉
過敏免疫風濕科:田雅之、蕭凱鴻
兒童內分泌暨新陳代謝科：王育美、吳怡磊
內分泌新陳代謝科：林思涵、蘇矢立
胃腸肝膽科：顏旭亨、蘇培元、吳順生、范泉山、陳洋源、周昆慶
兒童腎臟科：錢建文
皮膚肌肉骨骼系統
骨科部：沈東霖、蘇伯峰、王偉勛、陳秋涼
皮膚科：邱足滿、楊國材、蔡妍筠
新生兒系統
新生兒科：李政翰、陳曉能、蕭建州
婦產科
產前遺傳：陳明、陳子和、孫茂榮
其他
家庭醫學科：林盈利
中醫科：張順昌、林廉証、邱重閔、陳嘉允